Le dispositif qui régit l'agriculture biologique au niveau mondial est le codex alimentarius. Au niveau européen, le règlement CE n°2092/91 du 24 juin 1991 régit les productions végétales. Concernant les productions animales, le “REPAB” (Règlement européen pour les productions animales biologiques) a, quant à lui, été adopté le 19 Juillet 1999 et est entré en application le 24 août 2000. Ce règlement s'applique à tous les pays membres de l'Union Européenne.
De son côté, la France a été plus loin dans la réglementation en élaborant, comme le REPAB l'autorisait, un cahier des charges qui a fait l'objet d'un arrêté interministériel (JORF du 30 août 2000) contenant des dispositions plus strictes et plus contraignantes que le règlement européen comme :

• l'obligation de conversion de l'ensemble des productions animales de l'exploitation avant 2008,
  
• l'obligation d'un taux minimum d'alimentation en provenance de la ferme elle-même,
  
• un nombre toléré plus faible de traitements avec des médicaments vétérinaires allopathiques de synthèse (y compris antiparasitaires).

Actuellement, l’Union Européenne définit des règles communes à tous les états de l’Union qui seront applicables en 2009.

La filière Bio est évidemment soumise aux mêmes règles que la filière traditionnelle. De la production à la vente, les produits animaux sont identifiés de manière à garantir la traçabilité. Il est ainsi possible de retracer précisément l’alimentation et les soins apportés à l’animal.

Pour le consommateur qui regardera l'étiquette de l'emballage, il y retrouvera la mention "Produit issu de l'Agriculture Biologique", le numéro de lot, la date de fabrication, le numéro d'homologation ou d'agrément et le nom de l'organisme de contrôle.

A chaque étape (culture, élevage, transformation), un contrôle strict est réalisé par un organisme certificateur indépendant et agréé par les pouvoirs publics sur la base de critères d'indépendance, d'impartialité, d'efficacité et de compétence. Les contrôles, destinés à autoriser l'affichage de la mention “Issu de l'Agriculture Biologique”, portent sur la bonne application du cahier des charges défini par la réglementation en vigueur pour le bio. Si tout est conforme, l'organisme (ils sont au nombre de six en France) délivre à l'opérateur un certificat. La mention “Issu de l'Agriculture Biologique” et les références de l'organisme ayant effectué les contrôles doivent impérativement figurer sur le produit.